La réponse fournie par le ministère me semble pas tellement critiquable :

L'arrêté du 21 juin 2016 établit la nomenclature des véhicules classés en fonction de leur niveau d'émission de polluants atmosphériques en application de l'article R. 318-2 du code de la route. Ce classement tient compte de la spécificité des deux-roues pour leur classement. Contrairement aux idées reçues, les deux-roues ne sont pas nécessairement moins polluants que les voitures, même en prenant en compte leur profil de roulage plus favorable en agglomération et le moindre temps passé pour trouver un stationnement, tout particulièrement pour les anciens deux-roues sans système de post-traitement catalytique (source : ADEME, motocycles et cyclomoteurs, Barbusse, 2005 et ADEME, comparaison entre deux-roues à moteur et voitures, Ducreux, 2008). En effet, même si les deux-roues sont plus légers, les normes antipollution qui leur sont applicables sont moins contraignantes et en conséquence les systèmes de dépollution installés sur les deux-roues sont moins performants.

(source)
Cela s'appuie sur un rapport public de l'Ademe... c'est lui qu'il faut remettre en cause, si remise en cause il doit y avoir. Sans compter qu'en terme de langue de bois, le titre de l'article est pas mal puisqu'il implique Hulot personnellement alors que dans les éléments disponibles, ce n'est absolument pas lui qui a répondu.

PS : Je précise que je n'ai aucun intérêt dans l'affaire, personnellement je n'ai pas d'avis sur la question.