Der Unterschied zwischen InnoDB und MyISAM ist, dass MyISAM eine nicht-transaktionale Storage-Engine ist, InnoDB aber schon. D.h., bspw. dass man bei MyISAM bei "Problemen" bei der Ausführung eines Statements ggfs. von Hand zurückrollen muss. Wenn Du bei InnoDB eine Transaktion committest, dann wird sie entweder ausgeführt oder automatisch zurückgerollt.

Danke.