Probablemente el problema de Whatsapp en FirefoxOS es que tiene que publicar el código fuente. Eso es lo que tengo entendido, todo son scripts interpretados, o me equivoco?

Creo que no, porque en FirefoxOS está Line, Youtube, Soundcloud, hasta está... ojo con esto... Outlook Mail. Y son todas aplicaciones oficiales. Me parece que todo en este sistema operativo está escrito como aplicación web en HTML5, y no creo que traducir un cliente al lenguaje o crear uno sea algo muy complejo técnicamente. Así que no sé, para mi las razones son cuestiones más de negocios y cosas de oficina; temas de "estrategia".